鎌倉時代、1200年代初め。貧しい農家に生まれながらも賢く利発な平次郎は、ある日、親鸞聖人と出会い、多くを学び成長していく。やがて京に戻った親鸞聖人を追って故郷を離れた平次郎は、「唯円」という名を授かり、仲間たちとともに親鸞聖人のもとで仏教を学ぶ。そんな中、かつての友人が苦境に立たされていると知った唯円は、なにも出来ない自分への無力感にとらわれ苦悩する。なぜ、善人よりも悪人が救われるのか? 人は、なぜ生きるのか? 「すべての人間が悪人であり、救われるために条件はない」という親鸞聖人の言葉の真意が、解き明かされていく――。。近未来,日本政要为了推进社会的发展,宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士参与其中,谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发军用机器人。在此之后,光明寺博士不明不白死于事故,身后留下了正上大学的女儿美津以及还未成年的儿子小胜。某个夜晚,姐弟俩遭遇一伙不明身份之人的劫持,危机时刻一名神秘男子出手相助,随后该男子竟然现出战斗机器人的模样,他就是光明寺博士生前专门安装了良心回路的智能机器人次郎。
光明寺姐弟的命运由此和次郎搅到一起,而更大的危机和阴谋正向他们逼近……。