动物基因组学(帝王计划)研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉。她从幼体中孵出,在一群雇佣兵袭击这个机构时,魔斯拉逃了出去。然后她在一个瀑布包了茧,随后破茧而出,完成了全形态生长。在2014年,哥斯拉被整个世界看到后,“帝王组织”在水下建了一个基地,在这个位于水下好几英里的水中基地中,他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物。那是他们真正的研究核心。
长期沉睡于地底和冰川里面神秘的巨兽在星球上面已经有上万,甚至好几万年的历史,它要把这个星球重新夺回它自己的手下。为了大自然的生态平衡,哥斯拉苏醒了,它去消灭那些未来可能会去损害大自然平衡的生物。后来,哥斯拉和魔斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。此前一直被认为只存在于神话当中的古老的超级怪兽一一登场,他们将为争夺“怪兽之王”而战,人类的生存也受到严重威胁……。2033年,人类阻挡小行星撞击地球的计划失败了,人类灭亡了,而被遗忘在月球上的中等动物研究员独孤月幸运的活了下来,成为全宇宙最后一个人类。
他开始锻炼身体、探索基地,不知不觉竟然将自己在月球上的孤独生活过出了乐趣。然而他不知道的是,基地摄像机将他的视频画面传回了地球,全球的幸存人类在地球上直播观看他的月球生活,并将他视为榜样。直到有一天,他发现自己没动过的蛋糕上有一个牙印.....难道月球上还有什么别的存在?。