在东京某个位于西国立市的神社内,有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现,他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时,在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现,被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地,专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名,首脑化名“义经”,部下则以“弁庆”为首,各自以家将姓名相称。另一方面,小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前,位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃,寺院的住持为了解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像,因而请来了小五郎帮忙,小五郎一行人展开了调查。。讲述大明使节云靖奉命出使瓦剌,遭到瓦剌的汉人丞相张宗周陷害而被扣留并放逐到漠北苦地牧羊。20年后,瓦剌与大明修好,云靖得以回归大明故土。因为云靖知道张宗周“复国”的大秘密,而被他的手下杀死在雁门关下,云靖的孙女云蕾和张宗周的儿子张丹枫初次相遇并亲眼目睹了这一惨剧。于是,云蕾背负着祖辈的深仇与张丹枫之间展开一段爱恨情仇,感人肺腑荡气回肠的故事。。慢活干探丁志摩带领的“杂项调查小队”(ME),专门处理琐碎案件,与世无争。直至急进派“大肚婆”龙丽莎加入,争住做队中“尸王”,从此改写小队的命运。丽莎破案“无底线”,跟志摩的作风大相径庭,两人在查案过程中一直互不咬弦。车奕晨为面子当差,却因失误致同袍伤残,自此散漫成性。他在ME却重遇旧情人谷芷晴,并与警队小鲜肉李俊基,展开三角关系。一次行动,揭露志摩多年秘密,加上奕晨之失误,令丽莎陷于生死关头……。