时光飞逝,当年的小飞侠彼得·潘(Robin Williams 罗宾·威廉姆斯 饰)已长大成人,成为一名出色能干的律师。他与儿时的女伴温蒂(玛吉·史密斯 Maggie Smith 饰)的孙女结婚,并育有两个可爱的孩子。一家人在现实世界中幸福温馨,其乐融融。此时的彼得已忘记了自己小飞侠的身份,以及曾在梦幻岛上那惊险和快乐的时光。
在带着妻儿探望祖母的路上,邪恶的铁钩船长(Dustin Hoffman 达斯汀•霍夫曼 饰)竟然再次出现,并虏去了他们的孩子。焦急的彼得手足无措,为了拯救孩子,他必须尽快找回小飞侠的身份,回到梦幻岛与宿敌决一雌雄……。李(凯特·玛拉 Kate Mara 饰)是一名出色的企业问题分析解决专家,专门四处奔波,被陷入了困境的大企业出谋划策。某一日,她接受了一个极度机密的任务,被带到了一个无人知晓的神秘研究室,在那里,关着她需要解决的“问题”,然而,让李没有想到的是,这个人人谈之而色变的难题,竟然是一个叫摩根(安雅·泰勒·乔伊 Anya Taylor-Joy 饰)年轻女孩。
摩根虽然看似普通,但实际上却是生物工程学所研究出的杰出作品,她没有父亲,没有母亲,是由单纯的DNA进化而来。摩根拥有着极为敏捷的行动,异常聪慧的头脑,相当惊人的生长速度,这一切让科学家们很快就感受到了强大的威胁。。