故事背景被安排在一个景色优美的由昆虫(蚂蚁)组成的世界。片中的主角是一个聪明好学、敢于创新的少年,由于酷爱《三十六计》,被朋友们称为“诸葛小亮”。但在一次科学实验中,他和他的朋友突然变成了非常非常小的人,甚至和蚂蚁一样大,世界突然变得和从前不一样了。于是,机智的“诸葛小亮”开始了前所未有的历险。
既然是历险,就会有很多意想不到的事情发生,《三十六计》成为了我们小主角最有力的武器。。位于东京的东都线地铁开通当日,一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发,导致东都线列车损毁。经过一番推理,江户川柯南等人认定这次的事件与8年前朝仓优一郎主持负责的北之泽水坝的修建有关。
当年为了修建大坝,朝仓动员北之泽村的人民搬入新村,可是仍有许多人反抗到最后阶段不愿搬迁。为了探明事情的真相,柯南、灰原、少年侦探团以及毛利小五郎等人开车前往白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国,少年们尽情玩耍,与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民,山尾、远野、立原等人。他们是从小一起长大的好朋友,而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。
立原的儿子冬马在8年前坠崖,在这8年时间里他一直昏迷不醒。在母亲的照料下冬马终于醒了过来,但却丧失了记忆,不知道当时在自己身上发生了什么事情。柯南通过推理,认为冬马的坠崖与一系列的案件有关。。