故事背景被安排在一个景色优美的由昆虫(蚂蚁)组成的世界。片中的主角是一个聪明好学、敢于创新的少年,由于酷爱《三十六计》,被朋友们称为“诸葛小亮”。但在一次科学实验中,他和他的朋友突然变成了非常非常小的人,甚至和蚂蚁一样大,世界突然变得和从前不一样了。于是,机智的“诸葛小亮”开始了前所未有的历险。
既然是历险,就会有很多意想不到的事情发生,《三十六计》成为了我们小主角最有力的武器。。位于东京西部的巨大“学园都市”。 在总人口达230万人,其中约8成是学生的这座都市中,实施着超能力开发的特殊课程,学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一,也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”,以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后,随着与一位少女——最后之作的相遇,他的命运产生了巨大变化。 最强而最凶的“恶”——一方通行, 扫平学园都市的“黑暗”!!。