本作曾在单行本第6卷限定版中同梱过一次OAD,这次已经是第2次动画化了。制作阵容有所改变,由《STRANGE+》的西川贵史担任监督,Softgarage协助制作。不过声优阵容与前作一样,依然是反田省太由内匠靖明出演,春风このみ由野村真悠华出演,神谷真夏由平井祥惠出演,佐佐木奈子由井之上奈奈出演,金子理央由新名彩乃出演,池端サヨ由佐藤奏美出演。。春香、奈奈和孝則前往失联乐队成员宗太家。然而,他家的窗户上都贴着报纸,气氛阴森恐怖,他的行为也有些怪异。被一股神秘力量引导的奈奈取下了贴在房间深处的怪异符咒,意外地打开了通往另一个世界的大门...。1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。