故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕,这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起的。由于未能及时发现航道上有巨大冰山,货轮猛烈撞上冰山后导致引擎室受到重创,整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救,但船长与一名船员还是不幸罹难。
而在15年后的东京大都会,大财团的著名设计师在驾车时,突然心脏病发作。连人带车冲向山谷,车子在坠落山谷后起火燃烧,设计师当场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外居然是一场惊天大阴谋的序幕。
幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”作为展开阴谋的地点。恰巧江户川柯南、毛利兰、毛利小五郎等人参加了这艘邮轮的首次航行仪式,他们将一步步揭开幕后黑手的阴谋,让真相水落石出。。故事講述日本稻豐中學乒乓球社所發生的事。故事主角是前野、井澤、田中、田邊、竹田、木之下等六位男社員,後來加入了岩下與神谷兩位女社員。情節環繞青少年對性與愛情的興趣與好奇探索,以及許許多多的惡作劇。這些惡作劇大多不怕髒,在衝動的時候甚至不計限度。另一個常見的題材是幾個年輕的人物將增廣見聞當作人生的嚴肅目標;即使是大多數人懶得去關心的事物,他們也很熱心的要親身體驗。。某中学中学生郑晓雯被同学取笑,说她爸爸总是以自己女儿为素材在报纸上发表文章,晓雯听到后十分恼火,气冲冲地回家找爸爸算帐。这时,刘编辑登门要稿,晓雯要小花招使爸爸十分尴尬。后来,晓雯认真地向父亲提出为他征婚一事,父亲不在意地点头,谁知几日之后,一乡下女孩前来应征,只比晓雯大三岁,老郑哭笑不得,只好暂收留她。晓雯的母亲在国外几次找电话来要让晓雯出国读书。在父亲的处女文集出版之时,父亲向女儿合盘托出晓雯的身世:原来他不是晓雯的生父,晓雯的生父在一次事故中牺牲,妈妈把晓雯托给了他,自己出了国,晓雯非常伤心,但她还是爱着养父,不会离开他。天亮了,女儿长大了,父女俩又在林荫路上跑步锻炼了。。