应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队,在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次,KERORO军曹的面前出现了最新!最恶!最强的敌人!!
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观,喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴,可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹,后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时,冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷,冬树与KERORO回到了东京。不过这时,最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样,但与KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是?……。在油站打工的小伙子哈兰(爱德华·诺顿 Edward Norton 饰)有着很深的牛仔情结。他一身牛仔装,常常学牛仔拔枪的“神勇”模样。尽管很多人都嘲笑他,但少女托博(埃文·蕾切尔·伍德 Evan Rachel Wood 饰)却似乎和他意趣相投,二人堕入爱海。
哈兰跟随托博来到小镇的家中,这里住住托博的父亲韦德(大卫·摩斯 David Morse 饰)和弟弟罗尼(罗瑞·库尔金 Rory Culkin 饰)。韦德专横强硬,弟弟一直都在父亲的压抑下成长,个性敏感内向。常常一起外出骑马射枪的哈兰,成为了罗尼的精神依托。慢慢的,罗尼爱上了这个牛仔。
随着父亲对哈兰强硬的排斥、以及哈兰神秘身份的渐渐崭露,这个家庭的矛盾一再升级,直到悲剧的一发不可收拾。。