有一天,地球遭到了格雷型外星人的袭击。拯救了因外星人的攻击而束手无策、处于毁灭状态的航空自卫队的,是拥有不可能存在的人脸的“传说中的生物”。国家在那次事件中首次认识到他们在地球上共存的事实之后,称他们为“境界人”并监视着他们。 几年后,由于发生了移民和不可思议的恐怖事件,世界上有一个混沌的机构成立了,那就是“边缘服务”(Marginal Service),这是取缔专门犯罪,彻底隐瞒其存在的机构。 故事舞台是 Japan 涩宿(ジャパン澁宿)……这是一个聚集了一群穿着 Japan 所引以为豪的“束膝工装裤(ニッカポッカ)”的精英们,日夜与“境界人”对峙,守护地球的故事。。十年前,几乎毁灭世界的大灾难中,卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救,成为其养子。
十年后,士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”,而每日不停的进行魔术锻炼。
偶然的一天,士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”,胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是,七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。
卫宫士郎深知,十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的,为了避免悲剧再次发生,他与自己的“英灵”Sabar一起,投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。。郊外的某个小镇。 这里不是一个随处可见的普通乡村……。 这里的居民产生了巨大的异变。 即使在这样的情况下,千仓静留也有着坚定的想法。 想再一次见到行踪不明的朋友们! 静留她们在被废弃且停止行驶的电车里,在不知道能不能活着回来的情况下前往外面的世界。 开始运行的末班列车的终点,到底有什么?。