二十世纪最后的夏天。那一天,人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。
巨型生物「怪兽」,以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争,人类屡战屡败,最终计划逃出地球。2048年,经过中央政府管理的人工智能筛选,一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而,人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期,不适宜人类生存。
移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候,他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭,飞船内的生存环境也越发恶劣,以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流,他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。
然而,地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系,完全成为了一个未知世界。
最终人类能否夺回地球?晴雄的命运又将如何?。龙丘女修承颜的进阶礼上,被师哥承天强行要求与其双修,绝望之中,承颜自爆内丹,被与她缔结了灵宠契约的魔兽尘救走。承颜得知现在的承天是夺舍了自己师哥身体的上古魔兽刹,于是决定开启复仇之路,她炼化了上古神器重塑完整内丹,但也在这个过程中不幸中毒,命不久矣。承颜决定与尘成亲,却在成亲第二日亲手将尘送回魔界,自己被杀。尘彻底愤怒,强势重回龙丘,没想到重生的承颜却变成了鹿鸣玄女。承颜想要利用鹿鸣的身份重新封印魔兽刹,却被识破,她与尘并肩与刹展开终极决战,最终彻底封印了刹,还三界太平。。