幻想游戏系列
26 年前
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将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再像以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！
这时，纽约市中发生一连串的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！
神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！。大學副教授艾蜜莉遭不明人士綁架，被丟進一個時間持續倒數的密室中，她的記憶喪失，更別說是被綁到這裡的原因。驚恐又充滿疑惑的她，在牆縫發現一個寫有日期的火柴盒，裡頭還夾了一支鑰匙，艾蜜莉意外地對這些東西感到熟悉，但上頭的日期究竟是什麼意思？鑰匙又是拿來開啟何物？艾蜜莉得把握時間趕快找回記憶才行。。