时间来到2037年,核子灾难毁灭了地球,幸存者都撤退到”內世界”,一个隔绝封闭的生物圈,由电脑掌控一切生命,但是年轻貌美的茱蒂挺身反抗这种安排好的生命形态,希望能体验真实的人生,于是生物圈的系统操作者就将她放逐到充满突变生物的「外世界」。外世界有许多畸形的食人怪,他们希望茱蒂能和他们邪恶的领导繁衍后代。茱蒂是否能逃出这个荒地,还是她会成为食人怪的嘴上肉呢?。新学期开始,美墨渚和雪城穗乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生,过着普通女孩的校园生活。 而梅普鲁、米普鲁和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。 此时,在光之园,在激战后受了伤的女王分裂成数个部分,消失在远处。与此同时,渚和穗乃香遭到了萨凯那的袭击。 突然,梅普鲁和米普鲁苏醒过来,两人使用新的变身器再一次变身成为“光之美少女”,不仅衣服改变了,而且力量居然也提升了!? 为了让失去了记忆和原本姿态的女王恢复原样,渚和穗乃香以及苏醒后力量得到提升的梅普鲁、米普鲁和保伦,将与不可思议的少女・九条光一起展开新的故事。 光之美少女们能够让女王恢复原来的样子吗?。一个自卑软弱的社恐女孩,突然来到了一个既陌生又熟悉的平行世界,遇到了她曾经最爱的人,从而改变了自己。。