1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。主人公王小星读小学四年级,与在派出所当片警的爸爸王大伟相依为命。小星最好的朋友叫阿毛,是捕鳄高手“光头刘”养的一只鳄鱼。身长八米的阿毛虽然样子很凶,但其实对人很友好。
鳄鱼园经营不善,爱鳄如命的“光头刘”为了让园中的鳄鱼能在更好的环境中生活,忍痛将他们转卖。未料却中了黑心商人赵大嘴的奸计,令无辜的鳄鱼们陷入更大的危机。
面临即将失去生命的威胁,巨鳄阿毛奋起反抗逃出了牢笼。
巨鳄在逃跑途中吞下了打工归国的女子温燕(徐熙媛 饰)的皮包,包里有她辛苦攒下的十万欧元现金。这钱本是准备结婚用的,可她刚一归国就发现了男友出轨的证据。
两头落空的温燕报了案,非要王大伟找到鳄鱼不可。
事态逐渐扩大,全镇进入紧急戒备状态,捕鳄成了头等大事。赵大嘴得知巨鳄肚里有百万现金,便私下组织了一支捕鳄小分队偷偷上山去追抓鳄鱼。
巨鳄的命运会怎样?小星和阿毛能否渡过难关?剧情跌宕起伏,引人入胜。。